望江县医院实行党委领导下的院长负责制，共设8个党支部，18个职能科室，41个临床科室、20个病区、9个医技科室。现有在岗职工800人，其中高级职称126人，中级职称270人。

临床科室主要有心血管内科、消化内科、肾内科、血液内科、神经内科、呼吸内科、内分泌科、精神科、传染科（结核病科）、肿瘤科、普外科、泌尿外科、胸外科、骨科、神经外科、妇科、产科、耳鼻喉科、眼科、普儿科、新生儿科、老年医学科、康复医学科（针灸科、推拿科）、重症医学科（ICU）、麻醉科、口腔科、中医科、皮肤科、急诊医学科、输血科、职业病科、血液净化中心、介入中心、放疗中心、健康管理中心等；医技科室主要有检验（PCR实验室）、医学影像科、超声科、内镜室、心（脑）电图室、电生理室、病理室等，代建代管安庆红十字中心血站望江采血点。骨科和神经内科被评定为第五周期市级重点培育专科。